Home 


Acta agriculturae Slovenica, 96(december 2010)2, 69–73.

Agris category codes: U10
COBISS                    1.01
Jezik: angleški

Enostavna reparametrizacija za izboljšanje konvergence linearnih mešanih modelov

Sorry, but a Javascript-enabled browser is required to email me.

1, Tina FLISAR, Jose Carlos MARTÍNEZ-ÁVILA, Luis Alberto GARCÍA-CORTÉS

1 Univ. v Ljubljani, Biotehniška fak., Odd. za zootehniko, Groblje 3, SI-1230 Domžale, Slovenija, dr.

IZVLEČEK

Počasna konvergenca je eden največjih problemov uporabe metode Monte Carlo z Markovimi verigami (McMC) za mešane modele na področju genetike in selekcije domačih živali. Slaba konvergenca je v veliki meri posledica visoke posteriorne korelacije med komponentami variance in rešitvami za ravni pripadajočih vplivov. Predstavljamo enostavno reparametrizacijo običajnega modela, ki izboljša lastnosti metode McMC in daje enake posteriorne porazdelitve parametrov modela kot standardni pristop. Reparametrizacija temelji na standardizaciji hierarhičnih (naključnih) vplivov v modelu, kar posledično spremeni posteriorne korelacije med parametri. Oba pristopa smo primerjali na večjem setu simuliranih podatkov. Rezultati kažejo, da reparametrizacija vodi do bolj učinkovitih metod McMC vzorčenja in je nekajkrat bolj učinkovita za analizo lastnosti z nizko heritabiliteto.

Ključne besede: statistika / mešani model / bayesovska analiza / McMC / reparametrizacija / konvergenca


Acta agriculturae Slovenica, 96(december 2010)2, 75–80.

Agris category codes: L01
COBISS                    1.01
Jezik: angleški

Multivariatna analiza fenotipskih razlik med “Bunaji” in “Sokoto Gudali” govedom

Sorry, but a Javascript-enabled browser is required to email me.

1, Kingsley Omogiade IDAHOR, Hadiza Salihu HARUNA, Matthew WHETO, Samuel AMUSAN

1 Nasarawa State Univ., Fac. of Agriculture, Dept. of Animal Science, Keffi, Shabu-Lafia Campus, P.M.B. 135, Lafia, Nigeria

IZVLEČEK

V študiji smo z multivariatno diskriminantno analizo proučevali morfometrične razlike med dvema nigerijskima pasmama goveda. Merili smo deset morfoloških lastnosti (višina vihra, višina trupa, obseg prsi, dolžina telesa, dolžina glave, dolžina repa, dolžina trupa, širina glave, širina trupa in širina pleč) pri 224 živalih pasme “Bunaji” in 87 živalih pasme “Sokoto Gudali”. Živali so bile v ekstenzivni reji, stare med 2,5 ter 3,6 leti. Izmerjene vrednosti za linearne lastnosti živali pasme “Sokoto Gudali” so bile statistično značilno večje (P < 0,05) kot pri živalih pasme “Bunaji”, izjema sta bila le dolžina telesa in dolžina glave. Za doseganje boljše resolucije smo uporabili postopno diskriminantno analizo, ker so le tri spremenljivke, širina telesa, višina vihra in dolžina glave, omogočile zanesljivo ločevanje obeh pasem. Mahalanobijeva distanca (7,19) med obema pasmama je bila visoko statistično značilna, kar nakazuje, da populaciji pripadata različnim pasemskim skupinam. Te rezultate potrjuje tudi diskriminantna analiza najbližjih sosedov, kjer je bilo 85,48% “Bunaji” goveda razvrščenega v izvorno populacijo, medtem, ko je bil ta odstotek pri “Sokoto Gudali” pasmi še višji (96,55). Tako pridobljene fenotipske informacije bomo uporabili za še natančnejši opis , zaščito in oblikovanje rejske strategije obeh nigerijskih pasem goveda.

Ključne besede: govedo / pasme / morfološke lastnosti / diskriminantna analiza / karakterizacija / Nigerija


Acta agriculturae Slovenica, 96(december 2010)2, 81–86.

Agris category codes: P30, P34
COBISS                    1.01
Jezik: angleški

Na antibiotike odporne bakterije v visokogorskih tleh Himalaje (5000–6000 m)

Sorry, but a Javascript-enabled browser is required to email me.

1

1 Univ. v Ljubljani, Biotehniška fak., Odd. za zootehniko, Groblje 3, SI-1230 Domžale, Slovenija, dr.

IZVLEČEK

V študiji sem uporabil vzorce tal z nizko vsebnostjo organskega ogljika iz višinskega transekta 5000 m–6000 m kot poenostavljen modelni sistem z nizko kompleksnostjo interakcij. Ta bi lahko pomagal razumeti osnovne okoljske dejavnike, ki uravnavajo porazdelitev in obseg izraženih rezistenčnih lastnosti gojljivega dela hitro rastočih heterotrofnih sevov. Izboljšano štetje na ploščah sem izvedel pri 4 °C na 0,01 koncentriranem hranilnem bujonu, dopolnjenim s hladnim ekstraktom tal, kot splošnim gojiščem, ki sem ga dopolnil z posameznimi antibiotiki (ampicilin, eritromicin, kanamicin in tetraciklin). Večje število izolatov (500) iz šestih lokacij sem prav tako testiral ločeno na njihovo odpornost na antibiotike. Ugotavljal sem tudi povezavo med okoljskimi dejavniki ter porazdelitvijo odpornih sevov in splošnega gojljivega deleža talnih bakterij. Rezultati kažejo, da visokogorska hladna tla vsebujejo pri nizkih temperaturah gojljive bakterijske populacije (106 / g), ki so odporni na posamezne antibiotike in razne njihove kombinacije, uporabljene v tej študiji. Poraščena tla imajo največji delež odpornih bakterij, skoraj dva reda manjši pa je prisoten v golih tleh. Statistična analiza je pokazala, da vegetacija, organski ogljik ter pH uspešno razložijo interakcijo med okoljskimi dejavniki in posameznimi gojenimi deleži bakterij, izoliranih iz hladnih tal.

Ključne besede: mikrobiologija / bakterije / antibiotiki / rezistenca / visokogorje / tla / model interakcij


Acta agriculturae Slovenica, 96(december 2010)2, 87–93.

Agris category codes: P10, T01
COBISS 
                  1.01
Jezik: angleški

Metil živo srebro inhibira rast in povzroča spremembe v membranah bakterije Pseudomonas putida

Sorry, but a Javascript-enabled browser is required to email me.

1, Mirjana BISTAN, Maša ZOREC, Romana MARINŠEK LOGAR

1 Univ. v Ljubljani, Biotehniška fak., Odd. za zootehniko, Groblje 3, SI-1230 Domžale, Slovenija

IZVLEČEK

V raziskavi smo na bakterijskem modelu (Pseudomonas putida DSM 50026) analizirali strupenost okoljskih koncentracij anorganske (Hg(II)) in organske (MeHg) oblike živega srebra, ki predstavljata pomembna vira onesnaženja vodnih ekosistemov v bližini nekaterih industrijskih in rudarskih območij. Poleg neposrednega spremljanja bakterijske rasti smo analizirali tudi maščobnokislinske profile izpostavljenih bakterijskih kultur in jih primerjali s tistimi, ki živosrebrovima spojinama niso bili izpostavljeni. Rezultati so pokazali, da izpostavitev P. putida Hg(II) v koncentracijah med 0,2 in 200 µg/L ne inhibira rasti, niti ne vpliva na maščobnokislinsko sestavo bakterijskih membran. Nasprotno pa je izpostavitev celic do 1600-krat nižjim koncentracijam MeHg povzročila tako upočasnitev rasti kot tudi prilagoditvene spremembe na membranskem nivoju. Slednje so bile podobne kot tiste, opažene ob izpostavitvi bakterij organskim topilom in nekaterim drugim spojinam, ki motijo integriteto membran.

Ključne besede: mikrobiologija / varstvo okolja / bakterije / Pseudomonas putida / vodni ekosistemi / onesnaževanje / živo srebro / metil živo srebro / inhibicija rasti / membranska adaptacija / cis-trans izomerizacija


Acta agriculturae Slovenica, 96(december 2010)2, 95–101.

Agris category codes: Q04
COBISS 
                  1.01
Jezik: angleški

Maščobnokislinski profil in prehranska vrednost jadranske sardele (Sardina pilchardus Walb.) v odvisnosti od sezone ulova [1]

Monika MARIN 1, Tomaž POLAK, Lea GAŠPERLIN,

Sorry, but a Javascript-enabled browser is required to email me.

Droga Kolinska, Živilska industrija, d.d., Kolinska 1, SI-1000 Ljubljana, Slovenija

IZVLEČEK

Raziskovali smo kemijsko (vsebnost vode, beljakovin, maščob in mineralnih snovi) in še posebej maščobno kislinsko sestavo mesa sardel ter določili njeno prehransko vrednost. Jadranske sardele (Sardina pilchardus Walb.) so bile ujete v severnem Jadranskem morju v štirih različnih lovnih sezonah: pozimi, spomladi, poleti in jeseni. Z metodo in situ transesterifikacije in določitve na plinsko tekočinskem kromatografu smo določili 20 maščobnih kislin. Meso sardin povprečno vsebuje 70,8 % vode, 21,0 % beljakovin, 2,5 % mineralnih snovi in 6,4 % maščob; od skupnih maščobnih kislin je 18,0 % enkrat nenasičenih, 42,6 % večkrat nenasičenih ter 39,8 % nasičenih. Vsebnost maščob je močno nihala med sezonami (naraščala od zime proti jeseni, od 0,69 % do 18,15 %) in statistično značilno vplivala na maščobnokislinsko sestavo mesa. Največ večkrat nenasičenih maščobnih kislin (skupaj 4,6 g/100 g mesa), predvsem eikozapentaenojske (20:5n-3, 0,98 g/100 g mesa) in dokozaheksaenojske (22:6n-3, 1,9 g/100 g mesa) so vsebovale sardele jesenskega ulova (pred drstenjem). Razmerja n-6/n-3 (0,13) in P/S (7,6) kažeta, da imajo sardine visoko prehransko vrednost. Priporočen dnevni vnos večkrat nenasičenih maščobnih kislin (0,45 g/dan za zdravo populacijo) dosežemo že z dnevnim zaužitjem 100 g mesa sardel, ujetih pozimi, in 10 g mesa sardel, ujetih jeseni.

Ključne besede: prehrana ljudi / živila / ribe / jadranska sardela / Sardina pilchardus Walb. / sestava / maščobne kisline / prehranska vrednost / letni čas
 


[1] Prispevek je del magistrskega dela Monike Marin z naslovom ‘Vpliv sezone ulova na lipidno sestavo in senzorično kakovost jadranske sardele (Sardina pilchardus)’, mentor prof. dr. Božidar Žlender.


Acta agriculturae Slovenica, 96(december 2010)2, 103–109.

Agris category codes: L01
COBISS 
                  1.01
Jezik: angleški

Obnašanje ovc na kraškem pašniku z različno vegetacijo [1]

Sorry, but a Javascript-enabled browser is required to email me.

1, Danijela BOJKOVSKI, Ivan ŠTUHEC, Dragomir KOMPAN

Univ. v Ljubljani, Biotehniška fak., Odd. za zootehniko, Groblje 3, SI-1230 Domžale, Slovenija, doc. dr., mag.

IZVLEČEK

Poskus je bil zastavljen z namenom proučiti obnašanje ovc na pašniku s čredinkami, v katerih so obstajale tri različne vrste vegetacije: travna ruša (n = 3), gozdna (n = 2) in delno zaraščena z drevesi in grmovjem (n = 1). Trop 40 ovc se je pasel na kmetiji na kraškem svetu v Sloveniji. Deset individualnih ovc je bilo direktno opazovanih v času dnevne osvetlitve (od 5. do 21. ure). Ovce so bile opazovane 2 zaporedna dneva v posamezni čredinki z eno ponovitvijo, torej skupaj 12 dni. Opazovana je bila dolžina zauživanja zelinja (+ listje iz grmovja in dreves), dnevni ritem zauživanja travne ruša, pogostost pitja in zauživanja soli. Na dan so se ovce pasle povprečno 10,5 ur (povprečje ± SD = 626,2 ± 47,2 min), vendar so bile značilne razlike med ovcami (P < 0,001). Najdaljši čas za pašo so ovce imele v čredinkah s travno rušo (P < 0,001). Podoben čas paše je bil opazovan v gozdnih čredinkah in pol odprti čredinki. Pogostost pitja in zauživanja soli je bila nizka. Živali so pile malo manj kot enkrat na dan, medtem ko so zaužile sol 1,25 krat na dan. Pogostost pitja je bila največja v pol odprti čredinki, kjer so bila prisotna tudi drevesa in grmovje, medtem ko je bila največja pogostost zauživanja soli v gozdnih čredinkah.

Ključne besede: ovce / obnašanje živali / etologija / paša / pašniki / čredinke / vegetacija / Kras / pitje / zauživanje soli / Slovenija
 


[1] Prispevek je del diplomske naloge Danijele Tomažič, mentor prof. dr. Ivan Štuhec, somentor prof. dr. Dragomir Kompan.


Acta agriculturae Slovenica, 96(december 2010)2, 111–115.

Agris category codes: M40
COBISS 
                  1.01
Jezik: angleški

Fluktuacijska asimetrija pri diploidnih in sterilnih triploidnih samicah kalifornijske postrvi (Oncorhynchus mykiss)

Sorry, but a Javascript-enabled browser is required to email me.

1, Klavdija STRGAR

Univ. v Ljubljani, Biotehniška fak., Odd. za zootehniko, Groblje 3, SI-1230 Domžale, Slovenija, prof., dr.

IZVLEČEK

Vitalnost nekega organizma in verjetnost, da preživi v naravi, je mogoče presojati na podlagi velikosti fluktuacijske asimetrije (FA). Ta je določena s tem, koliko telo določenega osebka odstopa od popolne simetrije. Da bi ocenili ali se samice in sterilni triploidni osebki kalifornijske postrvi (Oncorhynchus mykiss) med seboj razlikujejo v FA, smo pri 150 osebkih iz obeh populacij določili število plavutnic v prsnih in trebušnih plavutih na obeh straneh telesa. Kot mero za asimetrijo smo uporabili absolutno razliko v številu plavutnic v prsnih in trebušnih plavutih, na vsaki strani telesa. Rezultati kažejo, da je za obe lastnosti FA večja pri diploidnih osebkih; razlika med populacijama je dovolj velika, da jo lahko štejemo kot statistično značilno le, če obe lastnosti obravnavamo združeno. Delo problematizira možnost presojanja sposobnosti preživetja le na osnovi FA in poudarja, da bi bilo nujno za določanje FA uporabiti metrične lastnosti.

Ključne besede: ribe / kalifornijska postrv / Oncorhynchus mykiss / vitalnost / fluktuacijska asimetrija / razvojna stabilnost / sterilni triploidni organizmi / diploidne samic


Acta agriculturae Slovenica, 96(december 2010)2, 117–125.

Agris category codes: L10
COBISS 
                  1.01
Jezik: slovenski

Ocena parametrov disperzije za lastnosti zunanjosti pri konjih haflinške pasme

Sorry, but a Javascript-enabled browser is required to email me.

1, Janez RUS, Milena KOVAČ, Špela MALOVRH

Univ. v Ljubljani, Biotehniška fak., Odd. za zootehniko, Groblje 3, SI-1230 Domžale, Slovenija, asist.

IZVLEČEK

V naši raziskavi smo pri konjih haflinške pasme v Sloveniji za lastnosti zunanjosti ocenjevali komponente (ko)varianc. V podatkovni zbirki je bilo skupaj 3371 živali, od tega smo jih v raziskavo vključili 600 (15 žrebcev in 585 kobil). Živali, ki smo jih vključili v analizo, so imele zapise desetih ocen in/ali devetih meritev ter znanega vsaj enega od staršev. Model je za vse ocenjene in izmerjene lastnosti vseboval leto ocenjevanja in/ali merjenja kot sistematski vpliv in naključni vpliv živali. Uporabili smo metodo omejene največje zanesljivosti (REML) v programu VCE. Pozitivno definitne matrike smo dobili s pomočjo postopka, ki se imenuje ukrivljanje matrik (ang. bending). Za ocenjene lastnosti so znašale heritabilitete od 0,40 za prednji del trupa do 0,78 za pasemsko značilnost. Heritabilitete za izmerjene lastnosti so se gibale med 0,20 za globino prsi in 0,62 za višino vihra, merjeno s palico. Genetske korelacije so bile v večini pozitivne. Najvišja genetska korelacija pri ocenjenih lastnostih je 0,92 med skupno oceno in zadnjim delom trupa. Med oceno pasemske značilnosti in oceno prednjih nog korelacije ni bilo. Pri izmerjenih lastnostih so bile genetske korelacije ocenjene od 0,38 med dolžino trupa in obsegom prsi do 0,95 med višino vihra, merjeno s palico in višino vihra, merjeno s trakom.

Ključne besede: konji / pasme / haflinška pasma / haflinger / lastnosti zunanjosti / selekcija / genetski parametri / Slovenija


 

Univerza v Ljubljani Biotehniška fakulteta