Agris category codes: L10
COBISS Code           1.08
Jezik: angleški

GENETSKA KARAKTERIZACIJA AVTOHTONIH PASEM GOVEDI CIKE IN BUŠE Z UPORABO MIKROSATELITOV

Mojca SIMČIČ ^a), Marko ČEPON, Simon HORVAT, Sonja JOVANOVAC, Vesna GANTNER, Peter DOVČ in Dragomir KOMPAN

^a) Univ. v Ljubljani, Boitehniška fak., Odd. za zootehniko, Groblje3, SI-1230 Domžale, Slovenija

IZVLEČEK

Karakterizirali smo slovensko avtohtono pasmo ciko in hrvaško avtohtono pasmo bušo z uporabo devetih mikrosatelitov. Za vsak lokus smo izračunali frekvence alelov in heterozigotnost. Določili smo šest do deset alelov na polimorfnih lokusih v populaciji cike in štiri do osem v populaciji buše. Povprečno število alel na lokus je bilo osem (cika) oziroma pet (buša). Povprečna pričakovana heterozigotnost za devet lokusov je bila med 0,7733 (cika) in 0,7199 (buša). Najvišjo pričakovano heterozigotnost smo izračunali za lokus BM2113, in sicer 0,8521 pri ciki in 0,8099 pri buši. Ta lokus bi tako lahko bil najbolj informativen pri analiziranju obeh populacij. Povprečna opazovana heterozigotnost je bila med 0,6316 in 0,825 pri ciki ozirmoma med 0,6667 in 1,0 pri buši, kar potrjuje visoko informativnost izbranega niza genetskih označevalcev. Pri obeh pasmah smo opazili visoko stopnjo polimorfnosti na vseh devetih lokusih. Povprečna opažena heterozigotnost je bila manjša (0,7403) pri ciki kot pri buši (0,7775). Obe pasmi sta bili v genetskem ravnotežju v skladu s Hardy-Weinbergovim testom. Standardna genetska distanca po Neiju (Nei, 1978) je znašala 0,065, kar je v skladu z njunim brahicernim izvorom. Izbrani niz označevalcev je torej informativen in robusten za genotipiziranje obeh pasem. Ta niz bi v prihodnje lahko uporabili za podrobnejše analize genetskih odnosov do drugih pasem, iskanje možnih pod-populacij znotraj teh pasem ter za razvoj učinkovitega načrta ohranjanja obeh ogroženih pasem.

GENETSKA KARAKTERIZACIJA ALPSKIH PASEM OVC

Chiara DALVIT ^a), Elena SACCA, Martino CASSANDRO, Martina GERVASO, Emilio PASTORE in Edi PIASENTIER

^a) University of Padova, Department of Animal Science, Viale dell’Università 16, 35020 Legnaro (PD), Italy

IZVLEČEK

Namen študije je bil opisati osem pasem ovac, rejenih v Italiji (bergamaška, bieleška, črno-rjava gorska in tirolska gorska ovca), Nemčiji (brillenschaff in bela gorska ovca) in v Sloveniji (bovška in jezersko-solčavska) z mikrosatelitskimi markerji. Visoko raznovrstnost alelov smo našli v vseh pasmah, kar kaže na pomembno genetsko raznovrstnost. V študiji je evidentiran značilen odstop od Hardy-Weinbergovega ravnovesja v vseh analiziranih pasmah kot posledica heterozigotnega primanjkljaja. Le-ta naj bi bil posledica visoke stopnje parjenja v sorodstvu. Genetsko razlikovanje med pasmami je bilo dokaj nizko (F_ST = 0,064) vendar značilno. Sosedsko povezovalno drevo, povzeto po Reynoldsovi oceni genetske razdalje, je pokazalo prisotnost treh skupin iz treh pasem gorskih ovc, italijanske bergamaške in bieleške in dveh slovenskih pasem skupaj z nemško brillenscahaff. Takšno grupiranje je v skladu z rejskimi izvornimi področji posameznih pasem in njihovim znanim poreklom. Mikrosateliti so torej primerno orodje za preučevanje raznolikosti pasem in za opredelitev alpskih pasem ovc. Dobljeni rezultati kažejo, da je potrebno narediti ohranitveni načrt za zavarovanje in povečanje genetske raznolikosti preučevanih pasem, ki so že tako ogrožene zaradi visoke stopnje parjenja v sorodstvu. Genotipizacija mikrosatelitov lahko pripomore pri spremljanju raznolikosti pasem in organiziranju parjenja.

Agris category codes: L73
COBISS Code           1.08
Jezik: angleški

INTEGRIRANA KARTA KANDIDATNIH GENOV ZA MASTITIS PRI GOVEDU: KORAK NAPREJ PRI RAZVOJU NOVIH GENETSKIH OZNAČEVALCEV

Sorry, but a Javascript-enabled browser is required to email me.

^a) Univ. v Ljubljani, Boitehniška fak., Odd. za zootehniko, Groblje3, SI-1230 Domžale, Slovenija

IZVLEČEK

Pri iskanju kandidatnih genov za mastitis smo s pomočjo petih različnih študijskih pristopov (QTL-i, asociacijske študije, ekspresijski eksperimenti, miRNA, AFLP študije in epigenetski faktorji) pregledali 233 lokusov. Da bi sestavili podatke iz različnih virov v smiselno celoto in razkrili prekrivajoče se regije, smo rezultate predstavili v obliki genske karte. Zbrani podatki predstavljajo genetsko ozadje za lastnosti povezane z mastitisom pri govedu. Trideset najbolj obetavnih kandidatov (povezanih z mastitisom v različnih študijskih pristopih ali z vsaj dvema neodvisnima študijama ali/in ležeče v regijah prekrivajočih se s QTL-i) smo izbrali iz podatkovne zbirke in uporabili za in silico iskanje potencialnih, z mastitisom povezanih, molekularnih markerjev in domnevnih tarčnih mest za miRNA v 3’ neprevedenih regijah. (3’UTR). V domnevni promotorski/5’UTR (2kb navzgor od začetka prevajanja) smo našli 31 SNP-jev v osmih kandidatnih genih. Analiza z Matinspectorjem je pokazala, da bi nekateri SNP-ji v promotorskih regijah lahko povzročili izgubo/pridobitev vezavnih mest za transkripcijske faktorje. Nekateri SNP-ji v domnevni promotorski regiji povzročajo tudi izgubo/pridobitev CpG mest. V desetih kandidatnih genih smo našli 56 SNP-jev v eksonih, med katerimi je bilo 21 zamenjav ne-sinonimnih. Poleg tega smo našli 23 SNP-jev v intronskih regijah in 21 SNP-jev v 3’UTR. Analiza tarč za miRNA je razkrila 89 domnevnih vezavnih mest za miRNA v 18 kandidatnih genih. V tarčnih zaporedjih za miRNA nismo našli SNP-jev. Za SNP-je z domnevno regulatorno vlogo v kandidatnih genih predlagamo funkcionalne analize in asociacijske študije, ki bi omogočile odkrivanje alel za odpornost oz. dovzetnost za mastitis in prispevale k razumevanju regulatornih poti pri mastitisu.

Agris category codes: L10, Q04
COBISS Code           1.08
Jezik: angleški

RAZISKOVANJE POLIMORFIZMOV GENA PRKAG3 ZA LASTNOSTI POMEMBNE PRI PROIZVODNJI PRŠUTA

Martin ŠKRLEP ^a), Marjeta ČANDEK-POTOKAR, Tatjana KAVAR, Blaž ŠEGULA, Veronique SANTÉ-LHOUTELLIER in Pere GOU

^a) Kmetijski inštitut Slovenije, Hacquetova 17, SI-1000 Ljubljana, Slovenija

IZVLEČEK

Genski markerji, povezani s proteolizo v mišičnini, bi lahko precej pripomogli k selekciji prašičev, namenjenih za predelavo v pršut, z manjšo vsebnostjo soli in/ali podaljšanim zorenjem. V projekt 6. OP TRUEFOOD (FOOD-CT-2006-016264) je vključena tudi raziskava vpliva kandidatnih genov. Eden od preučevanih polimorfizmov je I199V na genu PRKAG3. V raziskavi sodelujejo tri države (Francija, Španija in Slovenija), predstavljamo pa slovenske rezultate na materialu, ki vključuje 569 križancev, potomcev očetovske linije durok×hempšir, zaklanih v 10 serijah. Prašiči so bili genotipizirani s pomočjo PCR-RFLP metode. Odbranih je bilo 723 stegen, ki so bila poslana v predelavo v “kraški pršut”. Izmerili smo zanimive lastnosti (debelina hrbtne slanine, mesnatost, masa trupa, masa stegna, debelina slanine na stegnu, pH v m. semimembranosus, barva in izgube mase med predelavo). Frekvence genotipov na kodonu 199 gena PRKAG3 so bile 12,7 % za I/I, 55,5 % za I/V in 31,8 % za V/V genotip. Analize rezultatov kažejo na možen vpliv polimorfizmov PRKAG3 gena na lastnosti klavnega trupa (masa toplih trupov, masa stegna in debelina stegenske slanine), kakovosti mesa (ocena barve in vrednost L* v m.gluteus medius) ter izgube med predelavo (izgube po soljenju, podaljšanem soljenju in sušenju).